中國科學(xué)院上海有機化學(xué)研究所（簡稱上海有機所）是集基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究和高技術(shù)創(chuàng)新研究為一體的綜合性化學(xué)研究機構(gòu)，創(chuàng)建于1950年5月，是中國科學(xué)院首批成立的15個研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化學(xué)研究所。從開展抗生素和高分子化學(xué)的研究起步，經(jīng)過70年幾代人艱苦創(chuàng)業(yè)、奮力拼搏，在以有機化學(xué)研究為中心的基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究與高新技術(shù)開發(fā)、人才培養(yǎng)等方面均取得令人矚目的成就。在我國“兩彈一星”研制、“人工合成牛胰島素、人工合成酵母丙氨酸轉(zhuǎn)移核糖核酸”和“物理有機化學(xué)中的兩個基本問題：自由基化學(xué)中取代基離域參數(shù)和有機分子簇集概念”等一批攀登科技高峰的重要成果中，我所科研人員作出了重要貢獻。
根據(jù)中科院新時期“三個面向，四個率先”辦院方針要求，上海有機所戰(zhàn)略定位為：立足基礎(chǔ)交叉前沿領(lǐng)域，堅持重大科學(xué)問題和國家重大需求導(dǎo)向，發(fā)揮有機合成化學(xué)的創(chuàng)造性，加強與生命科學(xué)、材料科學(xué)的交叉與融合；致力于推動我國化學(xué)轉(zhuǎn)化方法學(xué)、化學(xué)生物學(xué)、有機新材料創(chuàng)制科學(xué)等重點學(xué)科領(lǐng)域的發(fā)展；在有機化學(xué)基礎(chǔ)研究、新醫(yī)藥農(nóng)藥和高性能有機材料創(chuàng)制方面實現(xiàn)新的突破；引領(lǐng)有機化學(xué)學(xué)科前沿的發(fā)展，滿足國家戰(zhàn)略需求，服務(wù)國民經(jīng)濟主戰(zhàn)場；將上海有機所建設(shè)成為國際一流的有機化學(xué)研究中心。
在此定位下，上海有機所努力實現(xiàn)三個方面的重大突破，即高性能聚烯烴材料制備的關(guān)鍵科學(xué)、技術(shù)與應(yīng)用；化學(xué)理念指導(dǎo)的菌種改造和微生態(tài)系統(tǒng)構(gòu)建的集成性研究與應(yīng)用；高性能有機氟材料的關(guān)鍵科學(xué)、技術(shù)與應(yīng)用。在實現(xiàn)三個方面的重大突破的同時，重點培育五個學(xué)科發(fā)展方向與發(fā)展領(lǐng)域：導(dǎo)向綠色合成的新一代催化轉(zhuǎn)化；導(dǎo)向藥物發(fā)現(xiàn)的復(fù)雜天然產(chǎn)物全合成和系統(tǒng)化學(xué)生物學(xué)研究；重要醫(yī)藥、農(nóng)藥的核心制備科學(xué)、技術(shù)與應(yīng)用；高性能有機功能材料的結(jié)構(gòu)設(shè)計、合成與應(yīng)用；含能及推進劑關(guān)鍵材料的研究與開發(fā)。
上海有機所現(xiàn)有2個國家重點實驗室、4個院重點實驗室，分別為：生命有機化學(xué)國家重點實驗室、金屬有機化學(xué)國家重點實驗室、中國科學(xué)院有機氟化學(xué)重點實驗室、中國科學(xué)院天然產(chǎn)物有機合成化學(xué)重點實驗室、中國科學(xué)院有機功能分子合成與組裝化學(xué)重點實驗室和中國科學(xué)院能量調(diào)控材料重點實驗室。此外，還有同國內(nèi)外大學(xué)、企業(yè)聯(lián)合共建的，如滬港化學(xué)合成聯(lián)合實驗室、寧波新材料創(chuàng)制中心等多個聯(lián)合研究中心。
截止2020年底，上海有機所共獲得各種科研成果獎363項，包括國家三大獎75項，其中國家自然科學(xué)一等獎3項（其中2項為合作）、二等獎20項（其中1項為合作）；國家創(chuàng)造發(fā)明獎3項和國家發(fā)明二等獎4項（其中3項為合作）；國家科技進步獎特等獎3項（合作），一等獎1項（合作），二等獎12項（其中6項為合作）；獲得包括中國科學(xué)院自然科學(xué)一等獎28項在內(nèi)的中國科學(xué)院各類獎145項；上海市科技成果獎92項。共獲授權(quán)專利1028項（其中國外專利49項），發(fā)表學(xué)術(shù)論文12319余篇。共有在職職工695人。包括中國科學(xué)院院士8人、研究員及正高級工程技術(shù)人員93人、副研究員及高級技術(shù)人員193人。在學(xué)研究生672人。在站博士后60人。
受中國化學(xué)會委托，上海有機所負責(zé)編輯出版《有機化學(xué)》、《化學(xué)學(xué)報》和《中國化學(xué)》（英文版）
